दुसर्या जागतिक महायुद्धातील जपानच्या पराभवानंतर, नेताजींना नवा रस्ता शोधणे जरूरी होते. त्यांनी रशियाकडून मदत मागायचे ठरवले.
१८ ऑगस्ट १९४५ रोजी नेताजी विमानातून मांचुरियाच्या दिशेने जात होते. ह्या प्रवासादरम्यान ते बेपत्ता झाले. ह्या दिवसानंतर ते कधी कुणाला दिसलेच नाहीत.
२३ ऑगस्ट १९४५ रोजी जपानच्या दोमेई वृत्त संस्थेने जगाला कळवले की, १८ ऑगस्ट रोजी नेताजींचे विमान तैवानच्या भूमीवर अपघातग्रस्त झाले व त्या दुर्घटनेत खूपच भाजलेल्या नेताजींचे इस्पितळात निधन झाले.
अपघातग्रस्त विमानात नेताजी सुभाषचंद्रांसह त्यांचे सहकारी कर्नल हबिबूर रहमान होते. त्यांनी नेताजींना वाचवण्यासाठी प्रयत्नांची शर्थ केली, परंतु त्यांना यश आले नाही. मग नेताजींच्या अस्थी जपानची राजधानी टोकियो येथील रेनकोजी नामक बौद्ध मंदिरात ठेवल्या गेल्या.
सुभाष चंद्र बोस याना मृत घोषित करून ७३ वर्ष उलटली पण त्यांच्या मृत्यू बद्दल चे गूढ अजूनही कायम आहे. त्यांच्या मृत्युबद्दल अनेक सिद्धांत मांडले गेले.
मेजर जनरल जी. डी. बक्षी यांच्या The Indian Samurai – Netaji and the INA Military या पुस्तकात त्यांनी लिहिले आहे कि नेतांजींचा विमान अपघातात मृत्यू झालाच नाही. त्या अपघातात ते वाचले आणि सोविएत युनिअन मध्ये निसटण्यात यशस्वी झाले. शेवटी त्यांचा मृत्यू इंग्रजांच्या अमानुष अत्याचारामुळे झाला असे नमूद केले आहे.
असे हि सांगितले जाते कि काही वर्षा नंतर फ्रांस च्या एका सिक्रेट सर्व्हिस ने असे जाहीर केले कि १९४७ पर्यंत नेताजी जिवंत होते. आझाद हिंद सेने या भारतीय संघटनेचे आणि हिकारी किकन या जपानी संघटनेचे ते प्रमुख होते. पण ब्रिटिश आणि भारतीयांचे विमान अपघातात झालेल्या मृत्यूबद्दल चे मत ठाम राहिले.
असेही बोलले जाते कि नेताजी भारतात परतण्यात यशस्वी झाले होते आणि फैजाबाद या ठिकाणी वेगवेगळी नाव बदलून राहत होते. ते साधू च्या वेशात वावरायचे, त्यांना भगवान जी, गुमनामी बाबा अश्या नावानी ओळखले जात होते. १९८५ साली त्यांचा मृत्यू झाला.
इतिहासकार जॉईस लेबर यांच्या संशोधना नुसार नेताजींना आसाम मधील नागा हिल येथे साधू च्या वेशात पहिले गेले होते.
विमान अपघाताच्या बातमी नंतर बोस यांच्या कुटुंबीयांनी अनेक वेळा घोषित केले होते कि नेताजी जिवंत आहेत आणि त्यांना लपून राहावे लागत आहे. योग्य वेळ आल्यावर ते भारतात परत येतील. त्यांच्या शोध मोहिमेसाठी फीजेट आयोग १९४६, शाह नवाझ आयोग १९५६, खोसला आयोग १९७०, मुखर्जी आयोग १९९९-२००५ अश्या अनेक समिती नेमण्यात आल्या. यातला मुखर्जी आयोगाचा अहवाल पूर्ण वेगळा होता.
२००५ साली तैवान सरकारने मुखर्जी आयोगाला असे कळवले की १९४५ साली तैवानच्या भूमीवर कोणतेही विमान अपघातग्रस्त झालेच नव्हते. २००५ मध्ये मुखर्जी आयोगाने भारत सरकारला आपला अहवाल सादर केला. आयोगाने आपल्या अहवालात असे लिहिले की नेताजींचा मृत्यू त्या विमान अपघातात घडल्याचा कोणताही पुरावा उपलब्ध नाही. परंतु भारत सरकारने मुखर्जी आयोगाचा हा अहवाल नामंजूर केला.
१९९२ साली नेताजी सुभाषचंद्र बोस यांना मरणोपरान्त भारतरत्न प्रदान करण्यात आले होते. परंतु सुप्रीम कोर्टात दाखल केलेल्या एका जनहित याचिकेचा आधार घेऊन नेताजींना दिलेला हा पुरस्कार परत काढून घेण्यात आला. त्या याचिकेत नेताजींच्या मृत्यूचा कुठलाही पुरावा उपलब्ध नसल्याने त्यांना मरणोपरान्त ‘भारतरत्न’ पुरस्कार देणे अवैध आहे असा युक्तिवाद करण्यात आलेला होता. सुप्रीम कोर्टाच्या आदेशाने नेताजींना देण्यात आलेला हा पुरस्कार परत घेण्यात आला. इतिहासातली ही दिलेला भारतरत्न पुरस्कार परत घेण्याची एकमेव घटना आहे.
नेताजींचे योगदान व प्रभाव इतका मोठा होता की काही जाणकार असे मानतात की जर त्यावेळी नेताजी भारतात उपस्थित असते तर कदाचित भारताची फाळणी न होता भारत एकसंध राष्ट्र म्हणून टिकून राहिला असता. त्यांच्या मृत्यू बद्दल च गूढ कधी तरी भविष्यात उलगडता येईल ? सुभाषचंद्र बोस यांच्याशी संबंधित शेकडो फायली भारत सरकारकडे होत्या. २०१५ सालच्या शेवटी त्यांतल्या बर्याच फायली सरकारने लोकांना बघण्यासाठी खुल्या केल्या आहेत.